在荷鲁斯叛乱结束之后，整个帝国像是被刺激到了一般向着更美好的未来前进，在这段时期的人类帝国达到了国力的最巅峰。
每一分每一秒都有新的星球被发现，被殖民，被拆分出来的战团所保护，帝皇的利剑与重锤无时无刻不在巡弋着整个帝国……人们突然发现，在没有帝皇发号施令的情况下，帝国似乎也能很好的延续下去。
但这段被后来的历史学者们称为“重铸期”的千年岁月并不是什么大事也没有发生的，这其中影响最深远的事件便是国教的壮大和基因原体们的失踪。
在第三十二个千年的某年，前身为救世帝皇圣殿成为帝国官方承认的宗教，并被给予帝国国教的称呼，不仅如此，第一任教皇也被接纳成为至高领主的一员。
对此，阿斯塔特军团议会表示不满和担忧，但仍然健在的两名原体，摄政王圣吉列斯和帝国摄政罗伯特·基里曼在分别面见了两名禁军信使之后，也保持了沉默。
至于其他的原体……他们都失踪了。
钢铁之手军团的基因原体，美杜莎之主，费鲁斯带着他的卫队在一次原体议会之后消失，他的脸上带着愤怒和无可奈何，在之后便再也没有人看到过他的身影，但也有传言说，原体曾面见过帝皇……最终，人们只在美杜莎上原体的房间里找到了一份厚重的军团拆分计划、未来建设指导和几句对钢铁之手们的简短训话。
在那之后，钢铁之手们仍然延续着自己的战术和传统，但与帝国其他势力的合作多了起来，人们惊奇地发现，铁手们居然会在开炮之前跟友军打声招呼——这真的是个巨大的改变。
与费鲁斯相同的是黎曼·鲁斯，后者消失在了一次宴会之后，而从那以后，野狼们也开始了自己的狩猎远征，响应每一个求援信号，仅仅只过了几百年的时间便没有人再记得他们那刽子手的称号了。
帝国之拳的原体罗格·多恩在与堕落者佩图拉博战斗之后消失，伊斯塔万V被悲痛的帝拳们收复，随后便被帝国殖民，而第七军团也将此地选为自己的征兵星球之一。同时，帝国之拳还肩负着守卫泰拉和太阳星域之外的主星门枢纽星系的重任。
千疮之子的原体马格努斯和黑暗天使的原体一样都陷入了沉睡，他们麾下的战士开始以帝皇和各自原体之名征战于银河之中，但是千疮之子军团活人的总人数在最巅峰时也未超过3000名。
黑暗天使的巨石要塞开始从帝国的各个世界征兵，在军团被拆分之后，母团与子团仍然保持着过于亲
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