武德七年闰七月廿一日，李元吉随李世民屯驻于豳州，防御突厥。
同年，因突厥屡屡入侵，李渊想烧毁长安，迁都樊城，李建成、李元吉、裴寂都同意，李世民却反对，迁都未能实行。
后来李世民到李建成的太子东宫赴宴，回来之后“吐血数升”，唐高祖来看望他，并对李建成说：“秦王不能喝酒，以后不要再请他喝酒了。”
高祖想派李世民去守卫洛阳，避免兄弟进一步冲突，但李建成和李元吉交换意见后认为这会使李世民在洛阳建立自己的势力，提出反对，李渊也就没有这么做。
武德八年十一月十三日（625年12月17日），兼任侍中。
武德九年二月初一（626年3月4日），进司徒，仍兼任侍中、并州大都督等职。
李渊准备到太和宫去避暑，李世民、李元吉应当陪同，李元吉对李建成说：“等我到了太和宫，就派精悍的将士抓住他。
把他关进地窖，只开一个洞口递送食物。”
恰逢突厥的郁射设统率军队驻扎到黄河南岸，围攻乌城。
李建成就推荐李元吉代替李世民督率军队北伐突厥，照旧命令秦王府的猛将秦叔宝、尉迟敬德、程知节、段志玄等人一起出发。还调来秦王府的士卒花名册，挑选精兵强将，准备夺取秦王府的人马来充实齐王府。
还在李渊面前诬陷杜如晦、房玄龄，将他们赶回了家。李渊明知是他们的阴谋却不制止。
李元吉乘势秘密请求除掉李世民，李渊说：“秦王立有平定天下的功勋，罪行还没有暴露，要是杀他，凭什么理由？”
李元吉说：“秦王经常违抗诏令。刚刚平定洛阳时，骄横傲慢踌躇满志，不愿赶紧回京，分赏财物，树立个人恩德。违背抗拒到这种程度，难道不是叛逆？只管赶快杀掉，不愁没有理由！”李渊没有应声，李元吉就退出去了。
李建成对李元吉说：“已经夺取了秦王的精锐部队，你统帅着几万兵众，我和秦王到昆明池，在那里为你饯行，命令勇士把他折杀在帷幕后边，就说是暴病死去，估计父皇不会不信。我再派人劝说父皇，要他把朝政交给我。登位以后，把你立为皇太弟。尉迟敬德等人已经落到你的手中，到时活埋掉，谁敢不服？”
率更丞王晊听到这个阴谋，秘密报告李世民。
李世民召集府中官吏们讲了这事，他们都说：“大王您如不决断，江山就不属大唐了。如果让建成、元吉的罪恶阴谋得逞，那伙小人得
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