驻守东北的第四十八军叛国的同时，南洋地区也爆发了大规模的叛乱，南洋叛军是当初帝国组建的日本雇佣军。帝国在征服菲律宾、印尼等南洋地区后，虽然在当地都组建了傀儡政权进行统治，但这些附属国和新占领区内仍然存在着大量的反抗分子。这些抵抗势力基本以游击队的方式存在，对帝国在当地建立的新社会秩序进行各种形式的破坏和偷袭，同时不少当地的菲律宾人、印尼人也暗中支持和同情这些本族的抵抗势力。为了处理这种棘手的问题，帝国军大量使用**仆从军和日本雇佣军进行扫荡。由于帝国军为了顾及帝国的名声和在当地统治的稳定性，从而不能公开进行扫荡活动以及剿杀抵抗势力，毕竟这样会沾染上“屠杀平民”的恶名，也不能清洗那些同情和支持抵抗势力的当地平民，因此这些肮脏的事情基本都交给**仆从军和日本雇佣军去做。事实上，日本雇佣军在剿灭和屠杀当地反抗势力的时候一直是冷酷无情、不遗余力，这也让南洋军区慢慢地放松了对这些由前日本军人组成的雇佣军的警惕，这自然让这些狼子野心的日本武装势力得以乘虚而入。
原本日本雇佣军希望英法联合远东舰队能够全歼帝国海军的印度洋舰队，这样他们就能配合取得了南海制海权的英法军夺取帝国的南洋附属国和海外省，并在英法的支持下以南洋地区以及移民南洋的百万华人为筹码，换来日本本土的独立。但局势却没有按照他们设想的那样发展，英法海军势力都被驱逐出了东南亚，这让日本雇佣军陷入孤军奋战的不利境地里。尽管大局并不适合反叛，但日本雇佣军明白一件事，日本复国会对帝国本土施行细菌战后必然会让帝国方面彻底丧失对日本的信任，日本本土不但会遭到报复，日本雇佣军也会被解散。与其坐以待毙，不如孤注一掷。基于这样的考虑，驻守印尼的日本雇佣军6个旅团、5万余日军在迫于无奈之下，发动了集体叛乱。（在南洋地区，**仆从军驻守菲律宾，日本雇佣军驻守东印尼省和西印尼省）
做了帝国军12年走狗的日军彻底暴露出了野心狼的本质。日本雇佣军势力原先主要由小川又次中将和田村怡与造中将担任正副总指挥，田村中将几年前病死于南洋后，皇族成员泷泽月中将成为雇佣军的二号人物。小川和田村两人都是日本陆军近代最杰出的战略家之一，特别是小川中将，他曾经撰写了巨细无遗、面面俱到的《清国征讨方略》，为日本入侵中国制定了非常详细的计划，对敌我双方的力量对比也有着入木三分的精辟分析。但可惜，人算不如天算，中华帝国的崛起让日本入侵清
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