将府内还有很多的问题需要不断磨合，例如具有传统历史色彩的地域帮派，这个是很难避免的，唯一能做的就是控制住。
军队目前来说，有宣大、齐鲁两个新旧元从系，京畿京营内4镇派系，辽系，秦系，西南又有巴东秦家1系，川西1系，水西、滇军沐家1系，还有广西桂系，广东粤系等小帮派。
只要在陆地上，那就好控制。不听话取消编制，失去底层支持，上面的也是光杆1个，好收拾。
最麻烦的还是水师两个派系，中国历来水师系统以‘福建帮’最为出名，号称国朝易，福建水师不易。
现在的水师与福建人没多大关系，尽管南洋水师有不少福建人，可中上层几乎都是清1色的广东人，南洋水师是粤系的。
北洋水师主将沈有容，军官、兵员以沈有容两淮旧部、山东沿海军户、渡海避难的辽人以及天津兵员组成。加上沈有容年老，不似颜思齐有那么大的斗志，所以北洋水师非常的可靠。从构成成份上来说，天然就是可靠的。
而南洋水师呢，为了保证颜思齐所部的战斗力，一直没有往里面掺沙子。以安抚为主，毕竟东海海域海盗多如牛毛，多以海贼王李旦旧部为主。颜思齐作为李旦旧部之1，对这些海盗有着极高的号召力。
朝廷不拆颜思齐的台，颜思齐才能拍着胸脯将犹豫的东海海盗群拉过来一起打日本，否则这些海盗跟了德川幕府，会对远征大军后勤运船造成1系列不好处理的麻烦。
征日是大局，为了大局可以放弃颜思齐这头的绳子。此时，已经到了勒紧绳索的时候。
因为北洋水师的可靠性，以镇守瀛洲为紧要做借口，没有招回沈有容回京述职；颜思齐则必须来，已经抵达太仓浏河口休整。
整个国朝腹心沿海，不算贸易港口，总共有5大军港，从北到南依次是旅顺、天津大沽即古黄河出海口、登州水寨、苏州太仓浏河口这个郑和船队下西洋的启航点、再然后就是海南岛。
北洋水师拥有旅顺、朝鲜、瀛洲1系列的军港，南洋水师的军港则以海南、台湾两处为主，其他设立在南洋的据点要么是历来的海盗窝，要么是抢来的，属于自力更生。
1支自力更生的军队，9意味着其对中枢的依赖性不强。这也是卫所制崩溃的个原因，有人有土，又有自己打造军械的工匠，自然而然的要崩溃，因为兵部很难控制卫所军。
靠收东南海商的保护费，颜思齐就能养活麾下大军，这1点防的很紧，颜思齐也知道
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