受到党卫军全国领袖海因里希·希姆莱的提携，奥托·冯·梅克伦堡终于开始独当一面，他成立了一个新的科研机构，就设在阿尔卑斯山脚下的罗森海姆。罗森海姆的地理位置很独特，与因河相依，地处慕尼黑与奥地利之间，地形主要以山地和高原为主。奥托·冯·梅克伦堡的科研机构就建在阿尔卑斯山山麓，与罗森海姆主城区域距离很远，可以算是一个与世隔绝的地方。
奥托·冯·梅克伦堡之所以选择这么一个地方作为自己的科研机构的选址，是因为这里主要研究的是用于细菌战的生物战剂，需要在远离人群的地方进行研究。
奥托·冯·梅克伦堡将研究的主要方向定在了炭疽杆菌的研究上，之所以选择炭疽杆菌作为研究的主要方向，是因为这种杆菌广泛存在于全球的泥土之中，而且又是一种人畜共患病，发病率最高的牛和羊是欧洲普遍饲养的家畜。人类会因为直接接触，如解剖、剥食因炭疽死亡的动物或患病动物；误食炭疽病、死畜肉类；吸入炭疽芽胞的气溶胶；以及施放炭疽芽胞杆菌等细菌战剂等而感染，所以这种疾病的传播途径很广泛。还有一个原因就是炭疽杆菌的生命力非常强，炭疽杆菌菌体粗大，两端平截或凹陷，是致病菌中最大的细菌。排列似竹节状，无鞭毛，无动力，革兰氏染色阳性。炭疽杆菌在氧气充足，温度适宜，一般是在二十五到三十摄氏度之间的条件下易形成芽胞。芽孢带有完整的核质、酶系统、合成菌体的机构，保存细菌的全部生命活性。在适宜的条件下，芽孢通过激活、发芽、生长三个连续阶段又可成为新的繁殖体，继续分裂、增殖、活跃生长，所以芽孢是处于休眠状态的细菌，广泛存在于空气、尘埃、地表、水源、土壤和腐烂物体中。但是它的活性可以一直保持一百年到二百年左右，而在环境和温度适宜之时，它又会继续恢复致病能力。奥托·冯·梅克伦堡曾经亲眼见过在一百年前曾经发生过炭疽杆菌的疫区，在百年之后，由于人们在挖土的过程中挖到了当年掩埋的病死牲畜，而造成了直接接触，导致了炭疽热的爆发。而炭疽杆菌的芽孢具有多层厚膜结构，其中芽孢壳由一种类似角蛋白的憎水蛋白质组成，非常致密，不具渗透性，能抗御表面活性剂、化学药物的渗透和常用物理灭菌法，所以炭疽杆菌是一种非常难以完全杀灭的天生的生物武器。
奥托·冯·梅克伦堡招了一些医学院毕业的大学生，让他们在这个研究所里专事生产炭疽杆菌生物战剂。而他自己则专心投入了对于埃及纸莎草资料的破解，以及染色体的研究工作之中。
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